« D’après les directives de monsieur le président », une phrase bien familière pour les membres des gouvernements précédents puisqu’elle introduisait nombre de leurs déclarations. Le président possédait à lui seul 63 % des pouvoirs dans la Constitution de 1971 ne laissant que 2 % des pouvoirs à ses ministres qui, nommés et destitués selon les propres critères du président, ressemblaient fort bien à des secrétaires. Cette situation change dans le projet de la nouvelle Constitution, qui opte pour un rééquilibrage des pouvoirs entre le chef d’Etat et le premier ministre. Ainsi, certaines des prérogatives du président dans l’ancienne Constitution ont été transférées au premier ministre comme la nomination des fonctionnaires civils, l’élaboration du règlement de la police et des ordonnances nécessaires à la création et à l’organisation des services et des administrations publiques.

Le premier ministre conserve par ailleurs ses précédentes attributions comme la coordination et la révision du travail des ministères et des administrations qui en dépendent, la promulgation des décisions administratives et exécutives et le contrôle de leur application, l’élaboration des projets de loi et l’élaboration du projet de budget général de l’Etat. Autre nouveauté : la nomination du chef du gouvernement ne sera plus la charge exclusive du président, puisque le premier ministre devra obtenir la confiance du Parlement. Le texte stipule que « le président nomme le premier ministre et le charge de former le gouvernement dans un délai maximum de 20 jours. Le nouveau cabinet doit présenter son programme au Parlement dans un délai qui ne dépasse pas les 30 jours suivant sa formation. Si le Parlement refuse, à la majorité, le programme, le chef d’Etat doit désigner un autre premier ministre qui doit former un nouveau gouvernement qui, à son tour, présentera un nouveau programme. En cas de deuxième refus, le Parlement devra former le gouvernement en consultation avec le président ». Toutefois, le président conserve seul le pouvoir de nommer « le ministre de la Défense et celui des Affaires étrangères ». Dissocier ces deux ministères du processus de formation du cabinet ministériel pourrait mener, selon le juriste Essam Al-Eslambouli « à une rupture dans la politique du gouvernement, puisque ces deux ministres nommés par le président pourraient ne pas adopter le programme du gouvernement ».

L’annulation de la clause concernant le vice-président et le transfert de ses attributions au premier ministre, qui devient « le numéro 2 du système politique », a été vivement critiquée. Eslambouli s’insurge contre la suppression de cette fonction qui lui semble essentielle dans le système de gouvernement défini par la nouvelle Constitution. C’est en effet un système mixte qui emprunte aux régimes parlementaire et présidentiel, or, selon Eslambouli, « seul le système parlementaire exige l’annulation de ce poste ».

Le président reste malgré tout le chef du pouvoir exécutif, et le fait de « veiller à conserver les limites entre les différents pouvoirs » a été ajouté à sa mission. Ses prérogatives comportent le droit de convoquer le Conseil des ministres et de demander aux ministères de lui présenter des rapports.

Si la nouvelle version accroît la marge de manœuvre du gouvernement par rapport à l’ancienne Constitution, les limites entre les pouvoirs du président et du premier ministre sont toujours floues. L’emploi de termes tels que « travailler de concert », ou encore « après approbation », semble permettre de fait une fusion des pouvoirs, comme dans les extraits suivants : « Le président de la République établit de concert avec le Conseil des ministres la politique générale de l’Etat et ils veillent ensemble à son exécution », « Déclare l’état d’urgence après approbation du Conseil des ministres », ou encore « Conclut et ratifie les traités après avoir pris l’avis du Conseil des ministres et obtenu son approbation ». Le professeur de droit constitutionnel, Abdallah Al-Mogazi, dresse une liste de questions que ces formulations soulèvent : « Que se passera-t-il si les visions du président et du premier ministre se contredisent ? Comment peut-on déterminer les limites de leurs pouvoirs ? Qui va avoir le dernier mot ? Le premier ministre va-t-il user de ses prérogatives ou suivra-t-il toujours le président ? Les réponses font toujours défaut dans ce projet ».

Par ailleurs, les ministres doivent prêter serment devant le président, au lieu du Parlement.« On s’attendait à ce que le Parlement dispose de larges compétences exécutives pour paver le chemin à un régime parlementaire dans l’avenir. Mais, il est bien évident que les Frères musulmans, ayant un président à la tête du pays, ont fait pencher la balance vers un système présidentiel », conclut Mogazi: