Les événements au Soudan du Sud prennent une allure de guerre civile. Depuis le 15 décembre, le tout jeune Etat africain est pris dans la spirale des affrontements armés entre les partisans de l’ancien vice-président, Riek Machar, et ceux du président en exercice Salva Kiir. Les combats alimentés par les graves dissensions politiques issues de la rébellion sudiste et les profonds ressentiments ethniques remontant aux années de guerre civile ont fait en l’espace de quelques jours plusieurs centaines de morts et des dizaines de milliers de déplacés. En 1991, la défection de M. Machar de la SPLA avait provoqué une fissure ethnique au sein de la rébellion sudiste historique, dont Salva Kiir était un des responsables. Les troupes Nuer de Machar avaient alors massacré à Bor près de 2 000 civils Dinka.
Mais au-delà du caractère ethnique du conflit, ce sont ses répercussions sur la scène régionale qui retiennent l’attention, en particulier le partage des eaux du Nil. Un pays comme l’Egypte a toutes les raisons de s’inquiéter. Car les sources du Nil se trouvent en partie dans cette région du Nil Blanc. Celui-ci, venu du Burundi et du Rwanda, traverse le Soudan du Sud pour rencontrer ensuite le Nil Bleu à hauteur de Khartoum. L’Egypte et le Soudan veulent maintenir le traité de gestion des eaux du Nil conclu en 1929 entre l’Egypte et la Grande-Bretagne coloniale, puis revu en 1959. Celui-ci accorde à l’Egypte un quota de 55,5 milliards de m3 et de 18,5 milliards au Soudan, soit au total 87 % du débit du fleuve. Or, la séparation du Sud-Soudan en juillet 2011 avait bouleversé le bassin du Nil posant la question de la prise en compte des besoins de ce nouvel Etat en eau. Lors des négociations, le Sud-Soudan a réclamé la moitié de la quote-part du Soudan (9 milliards de m3 d’après l’accord de 1959). Après l’indépendance du Soudan du Sud, l’Egypte, soucieuse de garder un oeil sur les sources du Nil, avait mis en place une politique de rapprochement avec Juba. Le Caire avait notamment augmenté le volume de trafic aérien avec la capitale sud-soudanaise. L’éclatement d’un conflit armé dans cette région ne fait certes pas le jeu de l’Egypte, qui, prise par ses problèmes internes, joue désormais le rôle de spectateur .
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