Dans tous les médias internationaux, surtout israéliens, on fait les confu­sions entre les deux mosquées: la mosquée Al-Aqsa, au dôme argenté, et celle au dôme doré connue sous le nom de Qobbet Al-Sakhra (le Dôme du Rocher). Pour les analystes, cette confusion est voulue pour que les nouvelles générations oublient la mosquée Al-Aqsa et ses limites réelles, et pour que, à terme, les juifs puissent la démolir. « La mosquée Al-Aqsa comprend tout ce qui est à l’intérieur du mur, y compris les deux mosquées. Le tout est connu sous le nom d’Al-Haram Al-Charif », explique Tareq Fahmy, politologue et spécialiste du dossier palestinien au Centre des Etudes Politiques et Stratégiques (CEPS) d'Al-Ahram.

Or, cette mosquée est considérée comme le troisième lieu saint pour les musulmans. Lorsque le calife Omar Ibn Al-Khattab vint à Al-Qods, il voulut réserver une partie de la surface d’Al-Aqsa pour la prière. Il choisit alors la partie sud orientée vers la Qibla pour construire sa mosquée, qui fut appelée par la suite la mosquée Al-Aqsa.

Quant à l’autre mosquée, le Dôme du Rocher, elle a été construite par le calife omeyyade Abdel-Malik Bin Marwane quand il vint à Al-Qods, il voulut bâtir une mosquée grandiose afin de mettre en valeur la grandeur de l’islam. Il souhaitait rendre hommage au lieu de l’ascension du prophète Mohamad. Il bâtit alors le Dôme du Rocher en respectant l’architecture de l’époque et restaura par la même occasion la mosquée construite par le calife Omar. Le Dôme du Rocher se situe au coeur de la mosquée Al-Aqsa. Il est considéré comme un trésor archi­tectural mondial.

Côté juif, on prétend que le Dôme du Rocher est bâti sur le lieu le plus saint, car ils croient que c’est l’endroit où le prophète Ibrahim a failli immoler son fils Ishaq. Ils pensent aussi que le Temple de Salomon est enseveli sous cet endroit qu’ils surnomment « le saint des saints ». Quant à la mosquée Al-Aqsa, les juifs affirment qu’elle fut bâtie sur « le palais de Salomon » lequel constitue une partie importante du « Temple ». C’est pourquoi les Israéliens ont entamé des fouilles sous la mosquée Al-Aqsa, menaçant la sécurité de ses bâtiments. Une façon de la détruire en douceur, petit à petit, car, estime Saïd Okacha, analyste et directeur de la revue Sélections israéliennes, « les Israéliens savent parfai­tement que démolir la mosquée Al-Aqsa serait une catastrophe aux conséquences incalculables. Et pour le moment, ils tirent profit des revenus touris­tiques qu’elle engendre ».